當歐洲人第一次到達北美時，南佛羅里達還是一片繁榮，遍布著溫帶的松林、巨樹、河床、沼澤、濕地、海口和海灣，濕地主宰著該區(qū)的地形地貌。
在過去的100年，該區(qū)經(jīng)歷了較大的人為變化，主要表現(xiàn)為排水灌溉系統(tǒng)的發(fā)展，只在半島南端保留了一些自然土地和水源。在其它的自然系統(tǒng)中，排水灌溉系統(tǒng)和人類發(fā)展嚴重影響環(huán)境，例如，導致大范圍的山體滑坡和水土流失、濕地功能的喪失、異域物種的入侵、三角洲和海濱生態(tài)的退化等。
1．濕地功能的喪失
排水灌溉系統(tǒng)的發(fā)展嚴重影響南佛羅里達州的濕地，原Everglade濕地的一半都消失了，約897000公頃，草族植被損失24％，約146000公頃。很多幸存下來的濕地，由于水文性質(zhì)變化使徑流增加，從而受到很多負面影響。濕地干旱發(fā)生頻率的增加和空間范圍的擴大使?jié)竦厣鷳B(tài)各級食物鏈的產(chǎn)出減少。另外，這種濕地水文性質(zhì)的改變也剝奪了涉水鳥類的巢穴。
南佛羅里達州濕地的消失嚴重影響了生態(tài)環(huán)境和大范圍空間尺度的動物生存，例如，造成生態(tài)群落的零星碎塊和生態(tài)缺失等。
據(jù)美國漁業(yè)和野生生物部門的統(tǒng)計，南佛羅里達州由于濕地缺失造成18種物種頻危，12種物種有待觀察，涉水禽類的數(shù)量由1870年的250萬減少到1973年的70000只，涉水禽類數(shù)量的減少主要是水文條件改變的結(jié)果。
灌溉和人類發(fā)展增加了外境物種入侵的機會，入侵的物種通常與本地物種競爭生長。
該區(qū)Okeecholee湖南的集中排水灌溉和相關(guān)農(nóng)業(yè)已經(jīng)造成嚴重的有機土壤功能喪失，大規(guī)模灌溉造成有機土壤的嚴重流失。
2．水質(zhì)
南佛羅里達州的水質(zhì)受人類活動影響嚴重，城市和農(nóng)村渠道的水通常含有高濃度的營養(yǎng)物質(zhì)和有毒物質(zhì)，這些物質(zhì)使湖泊、河流、渠道、河口三角洲和海灣的生態(tài)系統(tǒng)嚴重退化。
水質(zhì)的退變是最近幾年才發(fā)現(xiàn)的，東部工業(yè)區(qū)很多水質(zhì)問題發(fā)生于城市水渠，尤其是在低流量的情況下，這時很多水渠布滿水藻和污物，有時還長滿水草，這種情形主要由于排泄了富含營養(yǎng)物質(zhì)的污水和暴雨徑流造成的，徑流攜帶細菌、病毒、油脂、有毒金屬、殺蟲劑等污染物，這些水質(zhì)退化的徑流會流入海濱地區(qū)、地下水或者公共供水系統(tǒng)。
水中富含溶解氧是良好水質(zhì)的重要標志，尤其在城市地區(qū)。因為很多的溶解氧被污水中有機物解體而消耗，水生植物的生長污染了水渠，白天的溶解氧含量稍高，到夜晚幾乎為零。所以很多城市水渠中沒有善于游泳的魚，只能生長一些能耐低氧的泥鰍等小魚。
含氯化學物質(zhì)，例如多氯聯(lián)苯等，這些化學物質(zhì)產(chǎn)生于城市和工業(yè)地區(qū)，對魚類、野生動物和人類健康的危害極大。多氯聯(lián)苯主要用于工業(yè)應用，例如變壓器、塑料生產(chǎn)、橡皮、粘膠、墨水、穩(wěn)定劑、防漏劑等。盡管從1970年以后，國際社會禁止使用多氯聯(lián)苯，但是這種污染物在環(huán)境中的持久效應直到目前還存在，其其燃燒有害物、藥物和固體污染物、化學制造、塑料生產(chǎn)、造紙和氯工業(yè)等也產(chǎn)生氯污染。
多氯聯(lián)苯等有機污染物在南佛羅里達分布很廣，主要通過降雨和空氣浮塵進行傳播，但在工業(yè)區(qū)和城市地區(qū)密集程度是最高的，例如邁阿密（Miami）國際機場附近水體中的魚類每1000g中含1000微克的這種有機污染物。工業(yè)地區(qū)有機污染物的密集會污染地下水，進而污染人們的飲用水安全。
佛羅里達州快速的城市化發(fā)展和東部沿海低洼地區(qū)的農(nóng)業(yè)發(fā)展所造成的有機污染，例如化肥和殺蟲劑等污染，會對地下水體的水質(zhì)形成威脅，但由于降雨的稀釋作用，使真正污染超標的地區(qū)僅集中于幾個地區(qū)。
3．農(nóng)業(yè)用地
南佛羅里達州約有70萬公頃的肥沃有機土壤，大部分被轉(zhuǎn)換為農(nóng)業(yè)用地，主要出產(chǎn)甘蔗和蔬菜。土壤中的養(yǎng)分由于需氧細菌的分解和周期性干濕變化而被釋放，這種情形造成大雨時土壤中大量氮和磷的流失，營養(yǎng)物質(zhì)通過田間水渠、水控制結(jié)構(gòu)、防供設施而進入水系統(tǒng)，使水體溶解氧減少，氮、磷、氯、重金屬的含量增加，使水具有較深顏色和導電度。
現(xiàn)在南佛羅里達州某些地區(qū)的水質(zhì)與上世紀有明顯不同，主要是因為人類的過度開發(fā)，改變了流域的自然屬性，例如灌溉和Okeecholee湖南部的農(nóng)業(yè)發(fā)展等,這導致了水系中營養(yǎng)物質(zhì)含量的升高。
很多研究表明，南佛羅里達州的沼澤對所流經(jīng)的水體起著“腎臟”的作用，能使水流中氮、磷的含量恢復到污染前的水平。
4．湖泊污染
南佛羅里達最大的湖叫Okeecholee湖，水質(zhì)受上游徑流污染嚴重，大暴雨時從上游農(nóng)田沖入很多農(nóng)業(yè)廢物，從北邊流入湖中的污染物含量高于任何其他地方。
從1969年到1970年得到的Okeecholee湖的水質(zhì)和生態(tài)數(shù)據(jù)表明，該湖從20世紀60年代開始富營養(yǎng)化，富營養(yǎng)化是該湖的主要問題，富營養(yǎng)化會嚴重降低水質(zhì)，影響下游用水戶的用水。早期湖水的富營養(yǎng)化表現(xiàn)為綠藻的過度生長，后來轉(zhuǎn)變?yōu)樗{藻的過度生長。
最近15年Okeecholee 湖磷的含量增加了2.5倍，在1987-1988達到最高峰值，最近藍藻的暴發(fā)生長標志著Okeecholee湖正接受著過量的營養(yǎng)，主要成分就是磷，威脅著湖區(qū)資源的生態(tài)健康。湖區(qū)由綠藻生長轉(zhuǎn)變?yōu)樗{藻生長意味著湖水富營養(yǎng)化變得更加嚴重了，磷被認為是控制該區(qū)藻類生長的關(guān)鍵要素，所以控制該湖區(qū)富營養(yǎng)化關(guān)鍵是控制入流中磷的含量。
5．港口
南佛羅里達港口Charlott的水文屬性受人類活動的影響大，1934-1984年期間的入流量減少，可能是由于上游的地下水過量抽取造成的。入流水流中的營養(yǎng)物質(zhì)在過去15年明顯增加，是因為徑流中農(nóng)業(yè)廢物增多了。
水質(zhì)受到果蔬農(nóng)業(yè)的影響，包括果類洗滌的污染，殺蟲劑、果蔬腐爛、果蔬等，農(nóng)業(yè)大面積使用化肥、殺蟲劑、除草劑、除菌劑、苯菌靈等還會造成銅、錳、鋅的污染。
此外，還有一些深井處于自流水高壓狀態(tài)，是佛羅里達州淺層地下水受到黑水污染的來源之一。這些水井由于銹蝕，使深層地下水上涌的過程中變黑，污染淺層地下水。#p#分頁標題#e#
6．汞污染
汞(水銀)污染是威脅人類健康和有機生態(tài)的嚴重問題，美國北部和加拿大南部的很多湖泊受到汞污染影響。美國佛羅里達州和其它幾個州的居民，由于魚身體中含有很高濃度的汞而提出禁食魚的建議。汞所造成的生態(tài)問題分為兩個方面，首先是食物鏈中的毒性累積，盡管汞在水中的濃度極低；其次就是汞在大氣中的擴散和傳播，由于環(huán)境中存在汞，有必要進行汞的回收。然而，統(tǒng)計表明，南佛羅里達州在過去的50年，空氣中的汞含量增加了2倍。
南佛羅里達州的魚類和野生動物已經(jīng)被檢測出有高水平的汞，所以該區(qū)的魚類不能賣給人們消費。1989年，一只佛羅里達豹死于汞中毒，且汞中毒被認為是另外兩只豹的死因，另外該區(qū)以豹為食的浣熊體內(nèi)的肝臟和肌肉里也發(fā)現(xiàn)了汞的積累。
南佛羅里達州汞的問題可能由多種原因造成，人們將注意力集中于兩個重要的汞的來源：市政焚燒的地方效果和東南海岸的其它排放，這可能是土壤失衡造成的。
最近完成的關(guān)于汞的研究，抽取了該州50處的泥沙樣品，結(jié)果表明，從1900年到1992年，該州泥沙中的汞濃度增加了六倍。
7．三角洲和珊瑚叢
三角洲的很多改變與來水量減少有很大關(guān)系，其它還與建造海堤、修改水渠、引水灌溉、防洪、徑流水質(zhì)改變有關(guān)，佛羅里達東南海岸地下水水位維持所需要的徑流管理很小，但引水用水服務卻不少，使很多淡水濕地成為咸水濕地，很多珍貴的紅木林消失。今天，佛羅里達州的很多海濱三角洲，尤其是東南海濱和佛羅里達海灣，在干旱季節(jié)承受著高鹽條件。
水資源管理使短歷時、大流量的水流變多，但維持生態(tài)系統(tǒng)的基流卻減少。
在佛羅里達海灣的很多地方，珊瑚和海濱水質(zhì)被認為是關(guān)鍵要素，持續(xù)的發(fā)展需要解決的問題包括增加的暴雨徑流、污水池、廢井污水的泄露、水質(zhì)富營養(yǎng)化、重金屬污染等。
佛羅里達州珊瑚的變化在上個十年引人注意，一些環(huán)境變化可能由船只或潛水者造成，珊瑚的生長易受人類活動影響。
珊瑚的減少和健康程度的下降受多種因素影響，例如，全球氣候變暖，水中營養(yǎng)物質(zhì)增加和高咸度水等。
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