水生植物在生態水處理中具有重要的功能。所謂生態水處理就是通過水生動植物和菌類的聯合作用，在水域中人為地建立起一個生態系統，從而使整個水體自身調節能力增加，無需過濾和專人管理，能克服過濾循環等傳統水質維護方式中人力財力投入大，環境二次污染等缺陷。首先它能固著池塘邊的泥土，防止雨水的沖刷。其次，水生植物高低錯落，形態各異，有很好的景觀裝飾效果。最重要的還是水生植物的水質凈化作用。像荷花、水蔥等挺水植物能吸收水底泥中氮、磷等營養元素，通過競爭途徑抑制同樣吸收氮、磷等營養元素的藻類的繁殖。它還能阻擋和凝聚水中的懸浮物、高分子有機物，降低水的渾濁度。沉水植物、浮葉植物和漂浮植物也具有類似的功能。
水生植物對有毒物質也有很強的吸收、分解凈化能力。如水蔥可在濃度高達600毫升/升的含酚廢水中正常生長，每100克水蔥經100小時可凈化一元酚202毫克。1公頃鳳眼蓮一晝夜可吸收酚100千克。水生植物還對重金屬有極強的富集能力。
因此，20世紀70年代后，水生植物去污逐漸發展成為一種技術，在我國的湖水、城市污水治理中水生植物也得到了越來越多的應用。云南建了上千畝的水生植物基地供凈化滇池使用；江蘇太湖、武漢東湖也在嘗試使用水生植物改良水質；北京市水利科學研究所在北京通州建了260畝的水生植物基地，今年夏季，基地的部分產品已開始在北京的幾條河道中使用。北京的水少，自我凈化能力很差，市內河道污染嚴重，水體失去了生態平衡。要修復水體，僅靠工業去污是不夠的還需要大量使用水生植物進行生態修復，而且后一種方式更安全、經濟，這種生態處理水的技術在歐美發達國家現在也很受重視。
中國科學院武漢植物園園藝中心一名研究水生植物的專家說，水生植物有去污作用，能增加周圍空氣的濕度，減少塵埃，提高負氧離子的含量，還能在小范圍內起到調節氣候的作用。過去，由于我國長期以糧為綱，水草消失得很快，很多水體的生態鏈被打破了，要恢復這種生態鏈首先要恢復水中的植物。相信隨著國家經濟實力和人們環保意識的增強，今后水體改良、生態治污會是一個熱點，目前人們對水生植物普遍缺乏了解，特別是對被專業人士稱為“水下森林”的沉水植物，這也導致了很多部門在污水治理中重機械設備、輕植物生態的做法，加強這方面知識的宣傳刻不容緩了
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