據中國環境監測總站提供的全國環境監測結果顯示，2009年，我國環保重點城市空氣質量優良天數有所上升，飲用水水源地水質達標率與上年持平。全國地表水國控斷面Ⅰ～Ⅲ類水質比例同比上升0.5個百分點。247個“十一五”總量削減責任書確定的水質目標考核斷面中，187個達到2010年要求，60個未達到2010年要求。
2009年，環保重點城市空氣質量優良天數比例為91.5％，同比上升1.0個百分點。全國地表水國控斷面Ⅰ～Ⅲ類水質比例為48.2％，同比上升0.5個百分點。環保重點城市飲用水水源地水質達標率為73.0％，與上年持平。酸雨發生面積有所減少，但污染仍然較重。近岸海域總體水質仍為輕度污染。交通干線兩側區域噪聲夜間超標較重。全國生態環境質量為“一般”，無明顯變化。
影響環保重點城市空氣質量的主要污染物是可吸入顆粒物，占92.4％；二氧化硫占7.6％。與2005年相比，2009年可吸入顆粒物濃度降低0.013毫克/立方米，降幅為12.8％；二氧化硫降低0.014毫克/立方米，降幅為24.6％；二氧化氮降低0.001毫克/立方米，降幅為3.4％。
七大水系418個國控斷面Ⅰ～Ⅲ類水質比例為57.1％(2010年規劃目標為>43％)；全國地表水759個國控斷面劣Ⅴ類水質比例為20.6％(2010年規劃目標為<22％)；環保重點城市空氣質量優良天數超過292天的比例為95.6％(2010年規劃目標為>75％)。長江和珠江水系Ⅰ～Ⅲ類水質比例在80％以上，黃河水系為68.2％，遼河、松花江、淮河和海河水系均在40％左右。重點湖庫未出現大面積“水華”和水體大面積黑臭。
全國地表水國控斷面高錳酸鹽指數平均濃度為5.1毫克/升，同比下降0.7毫克/升。759個地表水國控斷面中，50個斷面有重金屬超標現象。
2009年，環保重點城市397個集中式飲用水水源地取水總量為217.6億噸，達標水量158.8億噸，水質達標率為73.0％，與上年持平。地表水飲用水水源地水質達標率為70.3％，主要超標項目為糞大腸菌群和總氮。地下水飲用水水源地水質達標率為93.5％，主要超標項目為受地質條件影響的鐵、錳、總硬度和硫酸鹽等。安徽、海南、江西、青海、天津、西藏、陜西和重慶環保重點城市集中式飲用水水源地水質達標率為100％。
2009年，在每省份選擇3個“以獎促治”村莊開展農村環境質量試點監測，共25個省份報送了監測數據。各試點村莊共監測106個飲用水水源地，總體水質達標率為41％。22個省份在試點村莊基本農田、菜地和工廠、養殖場周邊等布設土壤監測采樣點，土壤監測項目共計15項。土壤樣品總體達標率為76.0％，天津、內蒙古、吉林、山東、甘肅和寧夏達標率為100％。
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