保護大運河，核心是做好“整體保護”和“合理利用”。“整體保護”應該把自身價值突出但未列入世遺清單的運河遺產放在突出位置；“合理利用”要把活態的、靜態的運河遺產的價值發揮與具體的宣傳、展示措施相結合
年逾2500歲的中國大運河已獲世界文化遺產殊榮，然而運河保護仍然不容樂觀。
有關專家表示，“入遺元年”，應是運河保護的新起點。而運河保護，應虛實并舉，做好保護、利用兩篇文章。
保護不能停：北方河段斷流斷航，南方河段需改善水質
紹興段是浙東運河的中段。2008年，紹興投資巨額資金對環城河、運河園等進行整治改造。紹興市水利局副局長邱志榮坦言，目前一些古橋、古纖道、閘、壩仍然年久失修，部分河道淤積，需盡快解決。
在北方，運河北京段的保護現狀也不樂觀，當地運河均已喪失原有漕運功能。閘、倉庫、碼頭等遺產功能已經完全喪失，只有部分橋梁仍保持著通行功能。而運河天津段，不少河段還水量不足，不少橋梁沒有達到凈空標準，恢復通航難度較大。
河南省文物局副局長孫英民說，河南有7處運河遺產，其中相當一部分是堙沒千年后，經過近幾年的考古發掘才重見天日，土遺址脆弱，受風雨侵蝕后容易風化、垮塌和剝蝕，而通濟渠遺址和永濟渠滑浚段雖不再通航，但也擔負著防汛、排澇、澆灌等功能，水質控制和環境控制的壓力很大。
中國京杭大運河博物館原常務副館長周新華認為，目前雖然中國大運河的北方段已經斷流斷航，但是即使是干枯的河道也有保護價值；而南方段仍肩負著水運大動脈的責任，重點需要改善水質。
保護“虛實并舉”：既重實用功能，更要注重大文化范疇
“過去我們對大運河作用的認識偏重于交通運輸的實用功能，實際上它承載著豐富的歷史遺產，包括城市規劃、漕運文化、建筑文化等。”浙江省社會科學院徐吉軍研究員表示，未來的運河保護更要注重大文化范疇。
而記者從北京市文物局也了解到，當地運河的遺產結構同樣是“虛實并舉”，實是指已經確定的40處物質文化遺產，虛則是指已經確定的11處非物質文化遺產，如與運河相關的地名、傳說和風俗，此外還有78項大運河遺存，正等待進一步的歷史考證與考古發掘研究。
北京市通州區文物管理所原所長周良說，大運河是一條疊加的“文化線路”：它是一條物資交流之路、文化傳播交融之路，又是一條制度文化的承襲之路、運河環境與社會的變遷之路。
做好“整體保護”和“合理利用”兩篇文章
“中國大運河成為世界文化遺產，迎來了它2500年歲月里的新的生命周期。”中國文化遺產研究院院長劉曙光表示，目前中國圍繞大運河保護已經產生了諸多開創性的成果，包括“整體保護、片段申遺”策略，覆蓋大運河全線的遺產監測和檔案體系等。
劉曙光表示，未來大運河的保護、管理與利用，核心的問題是做好“整體保護”和“合理利用”兩篇文章。“整體保護”應該把那些自身價值非常突出但又未列入世遺清單的運河遺產放在突出的重要位置；而“合理利用”則要圍繞服務和改善民生的目標，把活態的、靜態的運河遺產的價值發揮與具體的宣傳、展示措施相結合。
孫英民則表示，大運河河南段遺址核心區涉及鄉村城鎮，其衛生環境、植被環境、人文環境等需要進一步控制，需要盡快建立穩定的管理機構，落實好遺產保護規劃和管理制度，加強遺產管理監測。
京杭大運河的最南端拱宸橋位于杭州市拱墅區，區文廣新局局長黃玲表示，近20年，全區一直致力于建設運河文化帶，先后修復了小河直街、橋西直街等歷史文化街區，建起了京杭運河博物館等。“只有充分發掘物質和非物質文化遺產，才能激發廣大市民對運河的熱愛，從而吸引社會力量參與到保護工作中，實現保護與利用的雙贏。”
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