２０１２年，澳大利亞政府新公布了受環境法保護的海洋保護區，從擴大保護區面積、加強保護區管理、兼顧海洋產業等方面多管齊下，加強了對海洋的保護。
新保護區面積更大了，在此前已有的澳聯邦海洋保護區國家系統的基礎上增加了逾２３０萬平方公里，將聯邦海洋保護區的總規模擴至約３１０萬平方公里。海洋保護區的數量從２７個（包括大堡礁海洋公園）增至６０個，覆蓋了超過三分之一的領海，是世界上最大的海洋保護區系統。
新保護區也完善了管理計劃，以確保區內各項活動順暢實施。聯邦海洋保護區劃定后，主管部門向民眾征集了管理意見，擬定了新的管理計劃，新公布的保護區管理計劃得到批準后，將于２０１４年７月生效。
新保護區在保護生物多樣性的同時，還兼顧個人和商業利益。除了受到高度保護的國家海洋公園區域，垂釣等休閑漁業可在海洋保護區的所有區域內進行。海洋保護區還歡迎游客進行除挖掘和采集海洋資源以外的旅游活動。除了重點保護的國家海洋公園，保護區所有區域也對商業捕魚開放，不過，不同區域對捕魚器具的類型有不同的限制。
此外，澳大利亞海洋保護區對于石油勘探和采礦等的限制非常嚴格，在國家海洋公園區域內的絕大多數地區，以上活動都被嚴格限制。在允許采礦作業的地區，有關公司也必須獲得特許證。
海運船只可通過海洋保護區的所有區域。與港口作業和開發相關的活動，包括維護性疏浚和傾倒泥土，可以在被劃定為多用途保護區的范圍內實施，但必須按照相關法律進行風險評估和獲得有關政府部門批準。
澳大利亞大堡礁海洋公園管理局主席拉塞爾·賴歇爾特說：“新保護區是保護澳大利亞未來海洋環境的極其重大的一步。”在全球大洋面臨來自氣候變化、水質下降和海岸棲息地縮小等威脅時，此舉正當其時。
由于加強海洋保護的措施影響了部分人的生計，澳大利亞還推出一項漁場調整援助計劃，包括對漁民和漁場提供過渡性商業補償等，并允許海洋保護區的當地居民從事海洋旅游和商業垂釣等商業活動。然而，仍有部分受到影響的漁民和團體表達了不同意見。
澳大利亞國家海鮮行業聯合會主席格雷厄姆·特克說：“由安永會計師事務所完成的行業委托研究表明，漁業、上下游家庭企業和依賴漁業的地區性社區受到的影響仍未得到充分評估，因此這些個人、企業和社區將得不到賠償。我們對政府未能充分執行其漁場調整政策感到失望。”
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