一提到河流斷面水質超標，很多地方順理成章地歸責于環保主管部門監管不力。其實，河流斷面水質超標是個綜合而又復雜的問題，需要具體情況具體分析，厘清責任才便于追究責任。
首先，對能夠確定排放主體的處理，可分為依據監測數據確定、特征污染因子確定和河段追蹤確定三種。
斷面水質超標，對于上游各排放口有監測數據的，按圖索驥，查出超標排污者；對于超標排放特征污染因子的，依據平常監管掌握的情況，確定排放者；對于上游河段長、企業多、排放因子相近又無可用監測數據的，依據上游各監測斷面數值合理確定河段，進而采取在中間選取斷面監測的辦法，逐漸縮小排查范圍，直至找到排污口、確定排放主體。對于只有一個監測斷面的，需要結合企業排放性質和所在位置，溯源而上一段一段地檢測，用科學數據尋找和確定，找到幾個超標排放主體就確定幾個主體。
以上幾種情況，都屬于環保主管部門的監管職責。環保部門可依據監測數據確定主體和獲取證據，依法進行調查、檢查，并依照《水污染防治法》相關規定按程序處理。否則，就是環保部門不作為，理應受到社會譴責、政府追責乃至法律處理。
其次，對不能確定排放主體的處理，可分為自然造成和人為造成。前者可繼續分為洪水暴發致河邊堆積物進入河道或者洪水沖起河流底泥；后者可繼續分為在河邊掏挖、開采、建設砂石廠和向河里排放、傾倒、清洗污染物。這幾種情形的處理，各不相同。
洪水可能會把山上或者河邊的尾礦庫污染物、垃圾堆積污染物、堆肥物質等沖入河道，提高斷面監測因子。在礦區，由于過去監管意識缺失和手段落后，河道實際是天然排污廠，河流底泥及河道岸邊沉積，遺留大量污染物，尤其是重金屬污染物。洪水有可能把污染物激起而重新回到水體。
環保部門雖然在發生此類斷面超標時，依然要做監測水質、發現超標和履行報告的職能，但處置起來卻頗感乏力。短期看，這需要政府出資治理污染、穩固河道；長遠看，需要進行規劃，綜合對底泥作無害化處理或做封存處理。
在礦區及其河流下游區域，人們掏挖、開采和建設砂石廠時有出現。基層環境監管實踐表明，這些活動不但會使河水變得渾濁，而且會激活底泥里的重金屬沉積物，嚴重影響沿河居民生產生活安全、干擾監測斷面水質數據、給環境監管帶來巨大壓力。
河流巡查、斷面檢測職責依然是環保部門的，但是除了督促在規劃區域內建廠、催辦和檢查環保審批手續、現場檢查治污設施、依法處罰違規行為，催促相關部門停止供電、管理河道、檢查水體、監察占地、核查證照，以及建議政府拆除取締外，“跑斷腿式”的監管能起到的作用著實有限。
對于河邊的隨機排放、傾倒和清洗污染物等行為，多數是偶然的。很多時候，這種情形導致斷面監測數據超標后，違法者早已不見蹤影，環保部門難有作為。情節嚴重的，還可能需要公安部門介入調查和偵查。
對此類情形，環保部門負有檢測和監管職責。依據《水污染防治法》第七十六條的規定，環保部門應該進行限期采取治理措施和處以罰款，或者啟動代為治理制度。其前提是違法主體明確，即使是代為治理也不例外。
最后，排放主體能確定與不能確定同時存在的處理。對沿河企業眾多、排放特征污染物大致相同、缺少監測數據，又有砂石開采活動等情況的，環保部門應一面加強監管，確保各企業保質保量開動污染治理設施，一面先由有治理能力的企業治理污染，加大調查力度，檢查是否存在暗口，確定排放者，同時，督促相關部門包括政府在內依法處理砂石廠。實在找不到排放者的，就分攤治理費用，促使排污企業互相監督。
總之，河流斷面水質超標情形復雜，應看具體情形依法追究責任，保護作為部門的積極性，支持和鼓勵其履職到位，督促不作為者作為和履職。同時，地方各級政府要依法對轄區環境質量負責，要采取措施改善環境質量，更要擺正位置積極作為。
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